Traditional Chinese medicine network pharmacology study on exploring the mechanism of Xuebijing Injection in the treatment of coronavirus disease 2019 / 中国天然药物

As a representative drug for the treatment of severe community-acquired pneumonia and sepsis, Xuebijing (XBJ) injection is also one of the recommended drugs for the prevention and treatment of coronavirus disease 2019 (COVID-19), but its treatment mechanism for COVID-19 is still unclear. Therefore, this study aims to explore the potential mechanism of XBJ injection in the treatment of COVID-19 employing network pharmacology and molecular docking methods. The corresponding target genes of 45 main active ingredients in XBJ injection and COVID-19 were obtained by using multiple database retrieval and literature mining. 102 overlapping targets of them were screened as the core targets for analysis. Then built the PPI network, TCM-compound-target-disease, and disease-target-pathway networks with the help of Cytoscape 3.6.1 software. After that, utilized DAVID to perform gene ontology (GO) function enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the action mechanism of overlapping targets. Finally, by applying molecular docking technology, all compounds were docked with COVID-19 3 CL protease(3CLpro), spike protein (S protein), and angiotensin-converting enzyme II (ACE2). The results indicated that quercetin, luteolin, apigenin and other compounds in XBJ injection could affect TNF, MAPK1, IL6 and other overlapping targets. Meanwhile, anhydrosafflor yellow B (AHSYB), salvianolic acid B (SAB), and rutin could combine with COVID-19 crucial proteins, and then played the role of anti-inflammatory, antiviral and immune response to treat COVID-19. This study revealed the multiple active components, multiple targets, and multiple pathways of XBJ injection in the treatment of COVID-19, which provided a new perspective for the study of the mechanism of traditional Chinese medicine (TCM) in the treatment of COVID-19.

Vias de transdução de sinal e polimorfismo de Toll-like Receptors na carcinogenese por HPV / Toll-like Receptors signaling pathway and polymorphism on the HPV carcinogenesis

Seres humanos dependem incessantemente de um sistema de reconhecimento efetivo contra infecções para sobreviver. Dentre as diversas proteínas que compõem a resposta imune inata estão os receptores do tipo Toll (TLR Toll-like Receptors), que possuem a função de reconhecer padrões moleculares associados a patógenos e dar início a uma resposta imune adequada. O carcinoma do colo uterino é uma das principais causas de morte de mulheres por câncer mundialmente, sendo o terceiro tipo de câncer mais comum entre mulheres. Este tipo de neoplasia é vinculada etiologicamente à infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Dentre as principais proteínas virais, E6 e E7 são responsáveis pela manipulação dos processos celulares para promover ciclo viral, sendo essenciais no processo de transformação celular. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi investigar a importância da via de sinalização de TLRs sobre a infecção por HPV. O polimorfismo rs5743836, na região promotora de TLR9, capaz de alterar a expressão deste receptor, foi estudado quanto à influência sobre a história natural da infecção por HPV em uma coorte de mulheres brasileiras; nenhuma associação relevante foi encontrada, indicando que este polimorfismo não interfere significativamente na resposta à infecção e risco de desenvolvimento de lesões no colo do útero causadas por HPV. Proteínas componentes da via de TLRs demonstraram serem alvos de interação com E6 de HPV16; dentre elas, o notável adaptador MyD88 e IKKε, enzima ativadora de importantes transfatores do sistema imune. Estas interações foram aqui estudadas. A interação de E6 com MyD88 resultou em estabilização da proteína viral, o que parece não depender do sítio LxxLL presente em MyD88, como ocorre com outros parceiros moleculares de E6. O sítio de interação de E6 com IKKε coincide com a região onde se localiza o sítio catalítico desta enzima, sugerindo a ação de E6 na ativação de proteínas alvo de IKKε. Esta interação foi observada em queratinócitos, células alvo das infecções por HPV. A produção de citocinas foi afetada por E6 de HPV16, resultando num aumento da quantidade de IL-8 e IL-6; a indução desta citocina poderia ser explicada pela ativação de IKKε. Estes resultados apontam para a capacidade do HPV16 de interferir com o sistema imune, contribuindo para o processo de carcinogênese

Humans constantly rely on an effective recognition system against infections in order to survive. Among various proteins that compose the innate immune response, Toll-like Receptors (TLRs) have the role to recognize pathogen associated molecular patterns and initiate a proper immune response. The cervical cancer is one of the main causes of women death worldwide, being the third most common cancer type among women. This type of neoplasia is etiologically associated with the Human papillomavirus (HPV) infection. E6 and E7, two main viral proteins, are responsible for manipulating the cellular processes to promote the virus' life-cycle, being essential to the cellular transformation process. In the context, the objective of this work was to investigate the relevance of the TLR signaling pathway on the HPV infection. The rs5743836 polymorphism, in the TLR9 promoter region, capable of altering this receptor's expression, was studied regarding its influence on the natural history of HPV infection in a Brazilian women cohort; no relevant association was found, indicating that this polymorphism does not interfere significantly in the infection response and risk of developing cervix lesions caused by HPV. Component proteins of TLR pathway were shown to be interaction targets of HPV16 E6; among them, the notable adaptor MyD88 and IKKε, enzyme that activates important immune system transfactors. These interactions were studied in this work. The interaction of E6 with MyD88 resulted in the stabilization of the viral protein, which seems independent of the LxxLL site present on MyD88, as in other E6 molecular partners. The interaction site on IKK with E6 matches with the region containing the enzyme's catalytic site, suggesting an influence of E6 in the activation of IKKε target proteins. This interaction was observed in keratinocytes, natural targets of HPV infections. The cytokines production was altered by HPV16 E6, resulting in an increase of IL-8 and IL-6 concentration; the induction of the latter could be explained by the activation of IKKε. These results point to the ability of HPV16 of interfering with the immune system, contributing to the carcinogenesis process

In silico analysis of the structure and interaction of COP1 protein of Arabidopsis thaliana.

Previous studies have shown that COP1 (constitutive photomorphogenic 1) protein of Arabidopsis thaliana plays a crucial role in different aspects of photomorphogenesis. Interaction of COP1 with SPA1 (suppressor of phytochrome A) and other regulatory proteins actively affect light regulatory gene expression in diverse directions. Though several studies have explained the function of COP1 protein, method of its interaction with SPA1 and cryptochromes are still not explained in detail. In this study, in silico analysis was followed to predict the tertiary structure, active site residues, functionally important regions and regular expressions of COP1 protein. Its ease of its interaction with SPA1 and seven other regulatory proteins, namely bZIP transcription factor 56 (HY5), transcription factor HY5-like (HYH), serine/threonine-protein phosphatase 7 (AtPP7), protein long hypocotyl in FAR-RED 1 (HFR1), OBP3-responsive protein 1 (OBP3), transcription factor MYC2 (MYC2/ZBF1) and Z-box binding factor 2 protein (GBF1/ZBF2) was measured using protein-protein docking. Interaction with MYC2 was found to be stronger than with others with a global energy value of -22.46. It was also found that COP1 shared three regions of regular expression with SPA1, the last expression also being present in MYC2/ZBF1 and OBP3. Taken together, the insight into structural and functional properties of COP1 protein presented in this study would be helpful in determining the role of COP1 in unknown mechanisms of photomorphogenesis.

Determinants of emergency contraception non-use among women in unplanned or ambivalent pregnancies / Determinantes del no uso de la anticoncepción de emergencia entre mujeres con embarazo no planeado u ambivalente / Determinantes do não uso da anticoncepção de emergência entre mulheres com gravidez não planejada ou ambivalente

Objective To analyze the determinants of emergency contraception non-use among women in unplanned and ambivalent pregnancies. Method Cross-sectional study with a probabilistic sample of 366 pregnant women from 12 primary health care units in the city of São Paulo, Brazil. A multinomial logistic regression was performed, comparing three groups: women who used emergency contraception to prevent ongoing pregnancies (reference); women who made no use of emergency contraception, but used other contraceptive methods; and women who made no use of any contraceptive methods at all. Results Cohabitation with a partner was the common determinant of emergency contraception non-use. No pregnancy risk awareness, ambivalent pregnancies and no previous use of emergency contraception also contributed to emergency contraception non-use. Conclusion Apart from what is pointed out in the literature, knowledge of emergency contraception and the fertile period were not associated to its use. .

Objetivo Analizar los determinantes del no uso de la anticoncepción de emergencia entre las mujeres con embarazo no planeado o ambivalente. Método Estudio transversal en una muestra probabilística de 366 mujeres embarazadas de 12 Unidades Básicas de Salud de São Paulo. Mediante regresión logística multinomial, se comparó tres grupos de mujeres: aquellas que usaron la anticoncepción de emergencia para prevenir el embarazo en curso (referencia), aquellas que usaron algún método anticonceptivo, pero no la anticoncepción de emergência; y aquellas que no usaron ningún método. Resultados Los hallazgos mostraron que vivir com la pareja fue el determinante común del no uso de la anticoncepción de emergencia. No tener conciencia del riesgo de embarazo, estar en un embarazo ambivalente y nunca tener utilizado la anticoncepción de emergencia también fueron associados con su no uso para prevenir el embarazo en curso. Conclusión Contrariamente a lo que reporta la literatura, el conocimiento de la anticoncepción de emergencia y el período fértil no mostró asociación con el no uso. .

Objetivo Analisar os determinantes do não uso da anticoncepção de emergência entre mulheres com gravidez não planejada ou ambivalente. Método Estudo transversal com amostra probabilística de 366 gestantes de 12 Unidades Básicas de Saúde da cidade de São Paulo. Por meio de regressão logística multinomial, compararam-se três grupos de mulheres: as que usaram anticoncepção de emergência para prevenir a gravidez em curso (referência); as que usaram algum método contraceptivo, mas não anticoncepção de emergência; e as que não usaram nenhum método. Resultados Os achados mostraram que morar com o parceiro foi o determinante comum do não uso da anticoncepção de emergência. Não ter consciência do risco de engravidar, estar em uma gravidez ambivalente e nunca ter usado anticoncepção de emergência também foram associados ao seu não uso para prevenir a gravidez em curso. Conclusão Diferentemente do que relata a literatura, o conhecimento sobre anticoncepção de emergência e sobre o período fértil não mostrou qualquer associação ao não uso. .

Análise computacional baseada no desenvolvimento de um pipeline de técnicas ab initio para predição de desordem estrutural protéica em genomas de tripanosomatídeos

Proteínas são compostas por uma ou mais cadeias de aminoácidos e exibem vários níveis de organização estrutural. Recentemente, uma classe de proteínas conhecidas como IUPs (Intrinsically Unstructured Proteins) foi descoberta e sua principal característica é a ausência de estrutura parcial ou total em seu estado nativo. Devido à sua adaptabilidade intrínseca, tais proteínas participam em muitos. processos biológicos regulatórios incluindo o escape do sistema imune. Utilizando a informação contida no proteoma predito de Leishmania braziliensis, Leishmania major, Leishmania infantum, Trypanosoma cruzi e Trypanosoma brucei, desenvolvemos um pipeline de análise computacional que tem como objetivo a identificação, caracterização e análise de IUPs. Nosso principal objetivo é investigar. as correlações biológicas entre desordem estrutural e as interações parasitohospedeiro.. O pipeline emprega 6 metodologias de predição de desordem, integra informações obtidas através da anotação estrutural e funcional, predição subcelular e o cálculo de propriedades físico-químicas. Como cerne do pipeline de IUPs existe um banco de dados relacional modelado de forma a viabilizar a extração das relações entre as inúmeras variáveis analisadas e gerar os relatórios.

Nossos resultados demonstram que as espécies de Leishmania e Trypanosoma possuem aproximadamente 70% e 55% de IUPs, respectivamente. Nossos resultados indicam que nos tripanosomatídeos os aminoácidos promotores de ordem são: W, Y, F, V, I, L e C e os promotores de desordem são P, Q, E, R e S.. A anotação funcional revelou o enriquecimento dos termos GO: transcription, ribonucleoproteins, RNA metabolic process, protein binding e ribonucleotide binding.. Outra característica é a associação entre o aumento da porcentagem de resíduos desordenados, a localização subcelular e o número de regiões transmembrana. Como resultado da validação experimental feita através de técnicas de eletroforese bidimensional (2D) específicas para identificação de IUPs, 100% dos spots identificados foram preditos in silico.. Até o presente momento este trabalho representa a primeira tentativa de estabelecimento das correlações entre desordem estrutural protéica e função nos tripanosomatídeos. A execução do pipeline pode ser solicitada por instituições acadêmicas através de solicitação no sitio http://iup.cpqrr.fiocruz.br/iup-pipeline.

Análise computacional baseada no desenvolvimento de um pipeline de técnicas ab initio para predição de desordem estrutural protéica em genomas de tripanosomatídeos / Computational analysis based on developing a pipeline of techniques for ab initio prediction of protein structural disorder in the genomes of trypanosomatids

Proteínas são compostas por uma ou mais cadeias de aminoácidos e exibem vários níveis de organização estrutural. Recentemente, uma classe de proteínas conhecidas como IUPs (Intrinsically Unstructured Proteins) foi descoberta e sua principal característica é a ausência de estrutura parcial ou total em seu estado nativo. Devido à sua adaptabilidade intrínseca, tais proteínas participam em muitos. processos biológicos regulatórios incluindo o escape do sistema imune. Utilizando a informação contida no proteoma predito de Leishmania braziliensis, Leishmania major, Leishmania infantum, Trypanosoma cruzi e Trypanosoma brucei, desenvolvemos um pipeline de análise computacional que tem como objetivo a identificação, caracterização e análise de IUPs. Nosso principal objetivo é investigar. as correlações biológicas entre desordem estrutural e as interações parasitohospedeiro.. O pipeline emprega 6 metodologias de predição de desordem, integra informações obtidas através da anotação estrutural e funcional, predição subcelular e o cálculo de propriedades físico-químicas. Como cerne do pipeline de IUPs existe um banco de dados relacional modelado de forma a viabilizar a extração das relações entre as inúmeras variáveis analisadas e gerar os relatórios.

Nossos resultados demonstram que as espécies de Leishmania e Trypanosoma possuem aproximadamente 70% e 55% de IUPs, respectivamente. Nossos resultados indicam que nos tripanosomatídeos os aminoácidos promotores de ordem são: W, Y, F, V, I, L e C e os promotores de desordem são P, Q, E, R e S.. A anotação funcional revelou o enriquecimento dos termos GO: transcription, ribonucleoproteins, RNA metabolic process, protein binding e ribonucleotide binding.. Outra característica é a associação entre o aumento da porcentagem de resíduos desordenados, a localização subcelular e o número de regiões transmembrana. Como resultado da validação experimental feita através de técnicas de eletroforese bidimensional (2D) específicas para identificação de IUPs, 100% dos spots identificados foram preditos in silico.. Até o presente momento este trabalho representa a primeira tentativa de estabelecimento das correlações entre desordem estrutural protéica e função nos tripanosomatídeos. A execução do pipeline pode ser solicitada por instituições acadêmicas através de solicitação no sitio http://iup.cpqrr.fiocruz.br/iup-pipeline.

Localization of protein-protein interactions in live cells using confocal and spectral imaging FRET microscopy.

Microscopy has become an essential tool for cellular protein investigations. The development of new fluorescent markers such as green fluorescent proteins generated substantial opportunities to monitor protein-protein interactions qualitatively and quantitatively using advanced fluorescence microscope techniques including wide-field, confocal, multiphoton, spectral imaging, lifetime, and correlation spectroscopy. The specific aims of the investigation of protein dynamics in live specimens dictate the selection of the microscope methodology. In this article confocal and spectral imaging methods to monitor the dimerization of alpha enhancer binding protein (C/EBPalpha) in the pituitary GHFT1-5 living cell nucleus have been described. Also outline are issues involved in protein imaging using light microscopy techniques and the advantages of lifetime imaging of protein-protein interactions.